Proteomics-Methoden von Andrew J/LaBear Link

Proteomik ("proteomics") nennt man die Erforschung des Proteoms, der Gesamtheit in einer Zelle oder Lebewesen unter definierten Bedingungen vorhandenen Proteine. Ändern sich diese Bedingungen, hat das qualitative und quantitative Auswirkungen auf die Proteinzusammensetzung. Basierend auf einem Cold Spring Harbor Laboratory-Praktikum sind in diesem neuen Handbuch aktuelle Laborprotokolle sowie hilfreiche Tipps und Tricks für Studierende und Wissenschaftler enthalten, die die grundlegenden Verfahren der Proteomik kennen lernen möchten. Schritt für Schritt werden Methoden zur Durchführung von Proteinmicroarrays Flüssigkeitschromatographie Hochdurchsatzklonierung von Expressionskonstrukten IMAC (immobilisierte Metallchelataffinitätschromatographie) Massenspektrometrie MALDITOF (matrixgestützte Laserdesorptionsionisierung mit Flugzeitanalysator) MudPIT (multidimensionale Proteinidentifizierungstechnologie) beschrieben. Dazu werden Abbildungen, weiterführender Internetlinks und Literaturhinweise geboten. Dieses Werk kann sowohl als Laborhandbuch zum Nachschlagen als auch als Praktikumsanleitung genutzt werden. Die beiden Autoren Andrew J. Link und Joshua LaBaer sind anerkannte Spezialisten auf diesem Gebiet und bringen ihre ganze Expertise ein.

Andrew J. Link, Associate Professor of Microbiology & Immunology, Assistant Professor of Biochemistry. Vanderbilt University School of Medicine, Nashville, Tennessee Joshua LaBaer, Direktor des Institute of Proteomics at Harvard Medical School.Studium an der University of California, San Francisco und klinische Praxis am Brigham and Women's Hospital in Boston. Zurzeit is er als Arzt am Dana-Farber Cancer Institute tätig und hat einen Lehrauftrag am Department of Biological Chemistry and Molecular Pharmacology an der Harvard Medical School. 1999 gründete LaBaer das Harvard Institute of Proteomics.

Vorwort/Einleitung Experimente: 1. Analyse von Gesamtzelllysaten durch zweidimensionale Gelelektrophorese und MALDI-Massenspektrometrie 2. Reinigung von Proteinkomplexen für die Massenspektrometrie 3. Qualitative und quantitative Analyse von Peptiden durch MALDI-TOF/TOF-Massenspektrometrie 4. Analyse von Proteinkomplexen: Hochsensitive Flüssigkeitschromatographie gekoppelt mit Tandemmassenspektrometrie 5. Analyse von Phosphopeptiden mit IMAC und Massenspektrometrie 6. Multidimensionale Proteinidentifizierungstechnologie (MudPIT) für Gesamtzelllysate 7. Quantitative Massenspektrometrie von Gesamtzellextrakten (iTRAQ) 8. Analyse und Validierung von Tandemmassenspektren 9. Hochdurchsatzklonierung von ORFs: Herstellung großer Mengen von Expressionskonstrukten 10. Herstellung von Proteinmicroarrays: Nucleic acid programmable protein array (NAPPA) 11. Einsatz von NAPPA für die Identifizierung von Protein-Protein-Wechselwirkungen Anhang 1: Setup und Demonstration einer Nanoelektrosprayionisierungs-(NanoESI-)Quelle und der Tandemmassenspektrometrie (MS/MS) Anhang 2: Proteinspaltung in Lösungen Anhang 3: Spaltung von fraktionierten Proteinen im Gel Anhang 4: Fällung von Proteinen mit Trichloressigsäure (TCA) Anhang 5: Monoisotopische und Immoniumionenmasse von Aminosäuren Anhang 6: Dipeptidmassen von Aminosäuren Anhang 7: LTQ-Gerätemethoden Anhang 8: Offline-Entsalzung von Peptidgemischen Anhang 9: Herstellung kompetenter Zellen Anhang 10: Quantifizierung von DNA Anhang 11: Sicherheitshinweise